درمان با نیلوتینیب ممكن است باعث بروز ترومبوسیتوپنی، نوتروپنی و آنمی شود. در دو ماه اول درمان، CBC باید هر دو هفته و پس از آن به صورت ماهانه كنترل شود. 
پیش از شروع نیلوتینیب، سطح Mg و K باید اندازه‌گیری شده و در صورت كمبود باید تصحیح شود
 پیش از مصرف این دارو، سایر داروهای مصرفی خود را به اطلاع پزشك برسانید. 
در طول مدت مصرف این دارو، از باردار شدن پرهیز نموده و از یك روش مؤثر ضد بارداری استفاده كنید.

در مصرف همزمان نیلوتینیب و ایماتینیب، AUC هر دو دارو افزایش می‌یابد (%50-30 برای نیلوتینیب و %20 برای ایماتینیب). 
از آنجا كه نیلوتینیب توسط آنزیم CYP3A4 متابولیزه می‌شود، مصرف همزمان مهار كننده‌ها و القا كننده‌های این آنزیم سطح پلاسمایی این دارو را تغییر می‌دهد. 
بر اساس مطالعات انجام شده، مصرف همزمان كتوكونازول، سطح نیلوتینیب را افزایش و مصرف همزمان ریفامپین سطح این دارو را كاهش می‌دهد. 
داروهای افزایش دهنده PH معده (مثل امپرازول و داروهای H2 بلوكر) ممكن است با كاهش محلولیت نیلوتینیب، جذب آن را كاهش دهند. 
مصرف همزمان نیلوتینیب با داروهایی كه QT را طولانی می‌كنند (مثل آمیودارون، ایزوپیرامید، پروكائینامید، كینیدین، سوتالول، كلروكین، كلاریترومایسین، هالوپریدول، متادون، موكسی فلوكساسین و پیموزاید) ممكن است باعث افزایش خطر طولانی شدن QT شود.

 فاز مزمن لوسمی میلوئید مزمن همراه كروموزوم فیلادلفیا (Ph+CML) كه تازه تشخیص داده شده است. 
 فازهای مزمن یا تشدید یافته لوكمی میلوئید مزمن همراه كروموزوم فیلادلفیا (Ph+CML) در افرادی كه به درمان‌های قلبی پاسخ نداده یا آن را تحمل نكرده‌اند.

-اعصاب مرکزی: گیجی، كاهش حس (هایپواستزی)، گزگز اندامها، خونریزی داخل جمجمه، میگرن، كاهش هوشیاری، لرزش، اختلال توجه، افزایش حس (هایپراستزی)، ادم مغزی، نوریت اپتیك، نوروپاتی محیطی، خواب‌آلودگی، اختلال حس، افسردگی، بی‌خوابی. 
-قلبی ـ عروقی: آنژین، آریتمی، تپش قلب، طولانی شدن QT در ECG، هایپرتانسیون، برافروختگی،‌ بحران فشار خون، هماتوم، نارسایی قلبی، افیوژن پریكارد، بیماری عروق كرونر، سیانوز، سوفل قلبی، انفاركتوس میوكارد، پریكاردیت. 
-چشم، گوش، حلق و بینی: خونریزی چشمی، ادم اطراف چشم، خارش چشم، كونژنكتیویت، خشكی چشم، شنوایی،  وزوز گوش، تغییر صدا، خونریزی بینی، درد ناحیه گلو و حنجره، تحریك گلو. 
-دستگاه گوارش: پانكرآتیت، ناراحتی شكمی، اتساع شكم، سوء هاضمه، نفخ، خونریزی گوارشی، ملنا، زخم دهان، رفلاكس معده به مری، استوماتیت، درد ناحیه مری، خشكی دهان، گاستروانتریت، آبسه ناحیه مقعد. 
-تنفسی: تنگی نفس، تنگی نفس فعالیتی، سرفه، ادم ریه، افیوژن پلور، بیماری بافت بینابینی ریه (ILD)، درد جداری ریه، پلورزی، هایپرتانسیون ریوی، ویزینگ، عفونت دستگاه تنفسی فوقانی، پنومونی، برونشیت. 
پوست: تعریق شبانه، اگزما، كهیر، قرمزی، افزایش تعریق، آكنه، درماتیت، خشكی پوست، راش اكسفولیاتیو، حساسیت دارویی، تورم صورت، پاپیلومای پوستی، تینه آپیلیس، آبسه زیرپوستی، فولیكولیت. 
متابولیك: هایپرتیروئیدی، هایپوتیروئیدی، تیروئیدیت، هایپومنیزیمی، هایپوكالمی، هایپركالمی، هایپوناترمی، هایپوكلسمی، -هایپوفسفاتمی، هایپركلسمی، هایپرفسفاتمی، دیابت ملتیوس، هایپرگلیسمی، هایپركلسترولمی، هایپرلیپیدمی، دهیدراسیون، كاهش اشتها، افزایش اشتها، هایپراوریسمی، نقرس، هایپوگلیسمی. 
-خونی: نوتروپنی همراه تب، پان‌سیتوپنی، لنفوپنی، ترومبوسیتوپنی، لكوسیتوز.